Bilişim Enstitüsü 1999 yılında Türkiye'de bu alanda kurulmuş ikinci enstitüdür. Farklı disiplinleri bir arada bulunduran çalışmaların bilişimsel gereksinimlerini karşılanması amacıyla, 2001 yılında Türkiye’de ilk defa İTÜ Bilişim Enstitüsü bünyesinde Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik (HBM) programı kuruldu. Bu kapsamda, 2001-2009 yılları arasında Devlet Planlama Teşkilatı (DPT) tarafından desteklenen program bünyesinde, Türkiye’de ilk defa kapsamlı ve gelişmiş sunucu sistemlerini barındıran Yüksek Başarımlı Hesaplama laboratuvarı kurulmuştur.

Yeni hesaplamalı teknik ve yöntemler üretmek için gerekli araştırma ve geliştirme aktivitelerini destekleyerek akademik çalışanları ve endüstri kuruluşlarını bir araya getirmek amacıyla hizmet veren laboratuvar, İTÜ Bilişim Enstitüsü Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Yüksek Lisans ve Doktora Programı bünyesinde yer almaktadır. İTÜ Yüksek Başarımlı Hesaplama Laboratuvarı, hesaplamalı bilim ve mühendisliğin gelişmesi için gerekli hesaplamalı teknolojilerin geliştirilmesi ve bunların kullanımı için gerekli kaynak ve servisleri sağlamayı amaçlamaktadır. Bu laboratuvarın bir diğer amacı da sadece hesaplamalı bilim ve mühendislik alanında başta İTÜ olmak üzere akademik camiada kritik kitleyi oluşturmaktır.